Të dhënat e pakta që i posedojmë tregojnë se kjo xhami është ndërtuar në vitin 1817, dhe gjatë historisë së saj është rindërtuar disa herë.
Xhamia e Qylit, e kishte edhe minaren e cila në vitin 1961 rrënohet nga pushteti komunist.
Pas luftës famëkeqe si çdo objekt fetar i Bashkësisë Islamë të Kosovës edhe Xhamia e Qylit u dëmtua nga forcat serbe. Por, falë Krijuesit Fuqiplotë dhe një bashkëpunimi të mrekullueshëm mes Këshillit të Bashkësisë Islame të Gjakovës dhe Kuvendit komunal është arritur marrja e lejes për rindërtimin e saj.
Më 11.11. 2008 vihet gurthemeli për rindërtimin e Xhamisë së Qylit, ndërsa tre vite më vonë me 20 korrik të vitit 2011 bëhet inaugurimi i saj.
Sot, Xhamia e qylit (xhamia me dy minare) ka një sipërfaqe prej 1200m2 të ndarë në tri etazhe. Ndryshe nga xhamitë tjera të qytetit të Gjakovës, ajo ka dy minare gjë që e bënë më të veçantë në aspektin arkitektonik.
Xhamia e Lagjes Qyl (xhamia me dy minare sot dhe dikur